La production bovine doit faire face à de nombreuses menaces sanitaires. Les plus connues : l’IBR, la BVD ou la Paratuberculose, ne doivent pas faire oublier celles du passé récent (Brucellose,...) ou celles en recrudescence (FCO, Tuberculose,...).
Derrière la production phare qu’est le "Roquefort", c’est toute une filière qui est organisée autour de la maîtrise sanitaire : les élevages laitiers comme les allaitants. La maîtrise sanitaire se construit au quotidien et sur le long terme ; les outils sont : la prévention, l’épidémiosurveillance, la rigueur des pratiques et la formation des éleveurs.
La situation sanitaire caprine est très favorable dans notre département. Cette production qui "monte" nécessite un très haut niveau sanitaire et technique de la part des éleveurs. Les préoccupations principales sont le CAEV, la paratuberculose, le parasitisme ou la tremblante. Comme pour les ovins, la mise en place de l’attestation sanitaire permet de mieux maîtriser les mouvements d’animaux.